Konkurs na stanowisko adiunkt/post-doc w projekcie NCN OPUS-23

„Biomechanika molekularna wariantów SARS-CoV-2: wiązanie wirus - komórka gospodarz i omijanie układu odpornościowego”

BSP-DSP.111.23.2025

Instytucja:                                    Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Miasto:                                          Warszawa

Stanowisko:                                 adiunkt/postdoc

Dyscyplina naukowa:                inżynieria biomedyczna, biofizyka obliczeniowa

Termin składania ofert:            21 listopada 2025

Data rozpoczęcia pracy:           10  grudzień 2025

Czas trwania umowy:               10 miesięcy

Kierownik projektu:                  dr. hab. Adolfo Poma Bernaola

Słowa kluczowe: SARS-CoV-2, wirus, dynamika molekularna,  antyciała, białka

Opis Projektu:

          Proponowane badania skoncentrują się na podstawach molekularnych biomechaniki wirusa SARS-CoV-2. W szczególności, planujemy zbadać białko kolca (S) i jego interakcje z ludzkim receptorem enzymu konwertującego angiotensynę 2 (hACE2) i neutralizację przeciwciał umożliwiającą omijanie systemu odpornościowego.

Zakres pracy na stanowisku:

• Wykonywanie symulacji Martini 3 dla kompleksów biomolekularnych
• Opracowywanie metodologii gruboziarnistych w celu lepszego pobierania próbek dynamiki konformacyjnej w układach białkowych.
• Przygotowywanie manuskryptów
• Opieka pomocnicza nad doktorantami

Profil kandydatów/wymagania: 

• Dokument potwierdzający uzyskanie stopnia doktora nie wcześniej niż 7 lat przed rokiem zatrudnienia w projekcie. Okres ten może być przedłużony, zgodnie z zasadami opisanymi
  w katalogu kosztów w projektach badawczych finansowanych przez NCN. Można także załączyć dyplomy studiów licencjackich i magisterskich.
• Ekspert w dziedzinie biofizyki obliczeniowej i/lub chemii ze szczególnym uwzględnieniem symulacji molekularnej
• Zaawansowana znajomość pakietu GROMACS i Martini 3
• Umiejętność programowania najlepiej python >2.7, c++, Lua oraz doświadczenie w pisaniu skryptów dla HPC
• Zdolność i zainteresowanie prezentacją wyników badań na konferencjach
• Dobra znajomość języka angielskiego
• Rzetelność, kreatywność, umiejętność pracy w grupie interdyscyplinarnej

Oferujemy:

• Wynagrodzenie: 8 700 zł brutto brutto miesięcznie,
• Możliwość uczestnictwa w konferencjach naukowych
• Wsparcie w ubieganiu się o granty i przyjazne środowisko pracy
• Stanowisko pracy w jednym z najwyżej ocenianych instytutów badawczych w Europie
• Pracę w przyjaznej atmosferze w interdyscyplinarnym zespole badawczym.

Wymagane dokumenty:

• List motywacyjny
• CV wraz z wykazem publikacji i konferencji
• Dyplom doktora z fizyki/biofizyki lub pokrewnej gałęzi nauki
• List referencyjny plus dodatkowo dane kontaktowe do osoby mogącej wystawić referencje
• Do dokumentów należy dołączyć oświadczenie:

"Wyrażam zgodę na przetwarzanie danych osobowych zawartych w mojej ofercie pracy na potrzeby niezbędne do przeprowadzenia procesu rekrutacji prowadzonego przez IPPT PAN z siedzibą w Warszawie, ul. A. Pawińskiego 5B, zgodnie z art. 13 ust. 1 i 2 rozporządzenia (UE) 2016/679 Parlamentu i Rady z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w zakresie przetwarzania danych osobowych i swobodnego przepływu tych danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46 / WE (RODO)."

W zgłoszeniu prosimy podać numer konkursu: BSP-DSP.111.23.2025

ZGŁOSZENIA:

Prosimy o przesłanie dokumentów na adres:

Biuro Spraw Pracowniczych: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. oraz kopia (CC) Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

Dodatkowe informacje można uzyskać u Kierownika: dr. hab. Adolfo Poma Bernaola Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.

Post-doc/assistant professor offer within the NCN OPUS-23 scientific project

“Molecular biomechanics of the SARS-CoV-2 variants: The virus-host cell attachment and immune evasion”

INSTITUTION:                              Institute of Fundamental Technological Research (IPPT PAN)

CITY:                                               Warsaw

POSITION:                                    Postdoc/Assistant Professor

SCIENTIFIC DISCIPLINE:             biomedical engineering, computational biophysics

SUBMISSION DEADLINE:          November 21, 2025

POSITION STARTS ON:              December 10, 2025

PROJECT DURATION:                 10 months

PROJECT LEADER:                       Dr. Hab. Adolfo Poma Bernaola

KEY WORDS: SARS-CoV-2, virus, molecular dynamics,  antibodies, proteins

Project Description 

This research will focus on the foundation of the molecular biomechanics of the SARS-CoV-2. Here we plan to investigate the spike (S) protein and its interaction with the human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) receptor and neutralising antibodies (Ab) responsible for the immune evasion.

Scope of work in the position

• Performing Martini 3 simulations for biomolecular complexes
• Developing coarse-grained methodologies for enhanced sampling of conformational dynamics in protein systems
• Manuscript preparations
• Auxiliary supervision of PhD students

Profile of candidate/Requirements     

• Document confirming the award of a doctoral degree scheduled who has been conferred a PhD degree within 7 years before employment in the project. This period may be extended pursuant to the terms laid down in the Types of costs in research projects funded by the NCN. Bachelor's and master's degree diplomas may also be attached.
• Expert in computational biophysics and/or chemistry with emphasis in molecular simulation
• Advanced knowledge of GROMAC package and Martini 3
• programming skills preferably python >2.7, c++, Lua and experience writing scripts for HPC
• Capability and interest to present their investigation results in conferences
• Good command of English
• Reliability, creativity, ability to work in an interdisciplinary group 

We offer 

• Full monthly (gross-gross) salary roughly: 8 700 PLN
• Possibility to participate in scientific conferences
• Support in grant preparation and a great environment to work
• A position at one of the highest-ranked research institutes in Europe
• Work in a friendly atmosphere within an interdisciplinary research team.

Required documents

• Cover letter
• CV including list of publication and conferences
• PhD diploma in physics/biophysics or a related branch of science
• Recommendation letter and an additional referee that we can contact
• Please include in your CV the following clause:

"I agree to the processing of personal data contained in my job offer for the needs necessary to carry out the recruitment process conducted by IPPT PAN with headquarters in Warsaw, ul. A. Pawińskiego 5B, according to art. 13 para. 1 and 2 of Regulation (EU) 2016/679 of the Parliament and of the Council of 27 April 2016 on the protection of individuals with regard to the processing of personal data and the free movement of such data and the repeal of Directive 95/46 / EC (RODO).

In your application, please indicate the competition number BSP-DSP.111.23.2025

Applications

Please send your documents to:

HR Office of Employee Affairs: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. and a copy (CC) to Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript..

For additional information, please contact the group leader: Dr. hab. Adolfo Poma Bernaola Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.