Konkurs na stanowisko postdoc/adiunkt w projekcie badawczym NCN OPUS-23
Zrozumienie wieloskalowych mechanizmów antybakteryjnej odporności wrodzonej na poziomie pojedynczych komórek
BSP-DSP.111.28.2024
finansowanym, ze środków Narodowego Centrum Nauki.
INSTYTUCJA: Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN
MIASTO: Warszawa
STANOWISKO: postdoc/adiunkt
DYSCYPLINA NAUKOWA: Inżynieria biomedyczna, biologia obliczeniowa, biologia systemów, mikrobiologia, immunologia
TERMIN SKŁADANIA OFERT: 18 października 2024
SŁOWA KLUCZOWE: modelowanie matematyczne, analiza obrazów, równania różniczkowe, symulacje stochastyczne, programowanie, uczenie maszynowe, mikroskopia przyżyciowa, odporność wrodzona, infekcje bakteryjne, L. monocytogenes
Informacje o projekcie:
Kierownik projektu: Prof. dr hab. inż. Paweł Paszek
Okres trwania: 36 miesięcy
Instytucja: Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN, Pracownia Modelowania w Biologii i Medycynie.
Przybliżona data rozpoczęcia: 1 grudnia 2024 (możliwy wcześniejszy start)
Oferujemy wynagrodzenie wysokości 9300 PLN/miesiąc brutto (z dodatkiem za wysługę lat) przez 22 miesięcy (z możliwością przedłużenia do 36 miesięcy).
CELE PROJEKTU
Projektu dotyczy mechanizmów wrodzonych odpowiedzi immunologicznych na infekcje bakteryjne. W szczególności koncentrujemy się na oddziaływaniach pomiędzy makrofagami układu wrodzonej odporności z bakterią Listeria monocytogenes, która powoduje wysoką zachorowalność i śmiertelność u ludzi. Głównym celem projektu jest wyjaśnienie, w jaki sposób dynamiczne odpowiedzi ścieżek NF-kB/STAT/IRF kodują informacje o zachowaniu bakterii i wyniku infekcji.
Aby zrozumieć ten proces, stosujemy eksperymentalne i obliczeniowe podejście biologii systemów. Między innymi, wykorzystujemy mikroskopię przyżyciową do monitorowania aktywacji szlaków sygnalizacji komórkowych NF-kB/STAT/IRF oraz wirulencji regulonu PrfA i zachowania L. monocytogenes. Na podstawie uzyskanych danych, wybrany kandydat bądź kandydatka zbuduje dynamiczne modele matematyczne w celu ilościowego zrozumienia strategii obronnych gospodarza.
METODOLOGIA
- Modelowanie matematyczne wykorzystujące równania różniczkowe oraz symulacje stochastyczne do opisania infekcji bakteryjnych, wewnątrz- i międzykomórkowego przekaźnictwa sygnału, aktywacji komórek gospodarza, obserwacji losu bakterii w heterogennych populacjach komórek gospodarza. Uwzględnione zostaną efekty przestrzenne dyfuzji i rozprzestrzeniania się bakterii.
- Analiza danych eksperymentalnych, w szczególności wieloprzepustowych danych mikroskopowych, w tym uczenie maszynowe, analiza statystyczna, analiza obrazów, programowanie.
LABORATORIUM
Poszukujemy entuzjastycznego naukowca do pracy w laboratorium immunologii systemów kierowanego przez prof. Pawła Paszka (grant OPUS-23 z NCN oraz grant Polskie Powroty (https://nawa.gov.pl/nawa/aktualnosci/nawa-polskie-powroty-nabor-rozstrzygniety). Wybrany kandydat/tka dołączy do zespołu naukowców stosujących interdyscyplinarne metody do badania odpowiedzi immunologicznej na infekcje bakteryjne.
Projekt jest prowadzony w Laboratorium Modelowania w Biologii i Medycynie (LMBM) IPPT PAN, które zapewnia w pełni wyposażone laboratorium BSL-2, swobodny dostęp do najnowocześniejszej aparatury mikroskopowej oraz wiedze w zakresie modelowania matematycznego (https://pmbm.ippt.pan.pl/web/Main_Page).
Prof. Paszek jest z wykształcenia inżynierem (MSc teoria sterowania, Politechnika Śląska, 2001; PhD statystyka, Rice University, 2006; Postdoc w Centre for Cell Imaging, Liverpool, UK, 2006-11), ale od wielu lat stosuje eksperymentalne metody badania regulacji ścieżek sygnałowych układu odpornościowego (https://www.ippt.pan.pl/pracownicy/?osoba=ppaszek). Do niedawna pracował na Uniwersytecie w Manchesterze w Wielkiej Brytanii, gdzie kierował laboratorium immunologii systemów. Prof. Paszek opracował metody ilościowego obrazowania odpowiedzi komórkowych i ekspresji genów. Jest współautorem publikacji w Science, Nature Communications, PNAS, eLife, Cell Systems i Science Signaling. Ostatnio opracował protokoły do badania interakcji typu gospodarz–patogen Listerii monocytogenes, ważnego bakteryjnego patogenu człowieka. We wrześniu 2023 prof. Paszek przeniósł się do IPPT PAN.
Wymagania:
Proces rekrutacyjny zostanie przeprowadzony zgodnie z zasadami Narodowego Centrum Nauki udostępnionymi poniżej:
https://www.ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2022/uchwala27_2022-zal1_ang.pdf
Poszukujemy kandydatów z doświadczeniem (udokumentowanym publikacjami) w co najmniej jednym z obszarów:
- Biologia matematyczna, biologia systemów, aplikacja zwyczajnych i cząstkowych równań różniczkowych oraz symulacji stochastycznych do opisu procesów biologicznych/komórkowych, modelowanie sygnalizacji komórkowej/ ekspresji genów.
- Analiza obrazów, uczenie maszynowe, analiza statystyczna danych.
- Programowanie w środowisku Python, Matlab.
Doświadczenie współpracy z eksperymentalistami bądź doświadczenie w biologii eksperymentalnej mile widziane.
Wymagane dokumenty:
1. Dokument potwierdzający uzyskanie stopnia doktora nie później niż w 2017 roku. Można także załączyć dyplomy studiów licencjackich i magisterskich.
2. CV zawierające informacje na temat:
- publikacji naukowych,
- prezentacji konferencyjnych,
- nagród i stypendiów,
- doświadczenia badawczego, osiągnieć, pozycji naukowej i innych kwestii, które mogą być pomocne przy ocenie kandydata,
- dane kontaktowe do dwóch osób udzielających referencji kandydatowi.
3. List motywacyjny (jedna strona).
Prosimy o zawarcie w CV następującej klauzuli: „Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych dla potrzeb przeprowadzenia procesu rekrutacyjnego przez Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN, znajdujący się pod adresem Pawińskiego 5B w Warszawie, zgodnie z art. 13 Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE
W zgłoszeniu prosimy podać numer konkursu: BSP-DSP.111.28.2024
Dokumenty powinny zostać dostarczone na adres mailowy Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript., wraz z kopia do kierownika projektu, prof. Paszka Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.)">(Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) oraz sekretariatu Zakładu Biosystemów i Miękkiej Materii (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.). W toku postępowania kandydaci mogą zostać proszeni o kontakt i zaproszeni na rozmowę rekrutacyjną.
Postdoc/assistant professor position in the research project NCN OPUS-23
Understanding multi-scale innate immune defences against bacterial pathogens at the single-cell level
Financed by the National Science Centre, Poland
BSP-DSP.111.28.2024
INSTITUTION: Institute of Fundamental Technological Research (IPPT PAN)
CITY: Warsaw
POSITION: postdoc/assistant professor
SCIENTIFIC DISCIPLINE: Biomedical engineering, computational biology, systems biology, microbiology, immunology
SUBMISSION DEADLINE: 18th of October 2024
KEY WORDS: mathematical modelling, image analysis, differential equations, stochastic simulations, programming, machine learning, live-cell microscopy, innate immunity, bacterial infections, L. monocytogenes
Information about the project
Principal Investigator: Prof. dr hab. inż. Pawel Paszek
Project duration: 36 months
Institution: Institute of Fundamental Technological Research, Polish Academy of Sciences.
We offer remuneration of 9300 PLN/month brutto (including the long-service bonus) for 22 months (with the possibility of extension to 36 months).
Approximate start date 1st of December 2024 (earlier start possible).
PROJECT OBJECTIVES
This project concerns mechanisms involved in the muti-scale coordination of innate immune responses against bacterial pathogens. We specifically focus on direct interactions between innate immune macrophages and the important food-borne bacteria Listeria monocytogenes that causes significant levels of human morbidity and mortality. Our main goal is to elucidate how pathogen threats are encoded in dynamical responses of NF-kB/STAT/IRF systems upon infection.
We use interdisciplinary approaches combining experimental and theoretical systems biology approach. This includes live-cell microscopy to monitor the activation of NF-kB/STAT/IRF in individual host cells in real-time together with L. monocytogenes growth and PrfA virulence. Successful candidate will use developed data to build dynamical mathematical models to better understand the course of infection.
METHODOLOGY
- Mathematical modeling employing differential equations and stochastic simulations to describe activation of the immune response in heterogeneous cell populations, cellular communication, different outcomes of infection (eradication, persistence, replication), regulation of bacterial virulence. We will account for spatial aspects of the cytokine diffusion and bacterial spread.
- Experimental data analysis, in particular high-content microscopy data, machine learning, statistical analysis, image analysis, programming.
ENVIRONMENT
We are seeking an enthusiastic and highly motivated computational scientist to join a system immunology lab of Prof. Pawel Paszek (founded via OPUS-23 NCN grant and Polskie Powroty grant from NAWA https://nawa.gov.pl/nawa/aktualnosci/nawa-polskie-powroty-nabor-rozstrzygniety). Successful candidate will work in a team of scientists using interdisciplinary approaches to study antibacterial immune responses.
The project is conducted in the Laboratory of Modelling in Biology and Medicine (PMBM), IPPT PAN, which provides a fully equipped BSL-2 labs, ready access to state-of-the-art microscopy equipment as well as mathematical modelling expertise (see https://pmbm.ippt.pan.pl/web/Main_Page).
Project’s PI, Prof. Paszek is a theoretician by training (M.S in Control Theory, Silesian University of Technology, 2001, PhD in Statistics, Rice University, 2006, PDRA in Centre for Cell Imaging, Liverpool, UK, 2006-11), but for several years he has been using experimental approaches to investigate the regulation of inflammatory signalling networks (https://www.ippt.pan.pl/pracownicy/?osoba=ppaszek). Until recently, prof. Paszek led a systems immunology lab at the University of Manchester, where developed quantitative live-cell imaging and gene expression platforms to study immune cell signalling, incorporating measurements of TF dynamics and transcription. He has co-authored manuscripts in Science, Nature Communications, PNAS, eLife, Cell Systems and Science Signalling, among others. Recently, he has developed protocols for quantitative single-cell approaches to study host-pathogen interactions of the Listeria monocytogenes, an important bacterial pathogen of man. In Septemeber 2023 he moved to IPPT PAN.
Requirements
The recruitment will follow the rules of the National Science Foundation (Poland) given in
https://www.ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2022/uchwala27_2022-zal1_ang.pdf
We seek candidates having experience and publication record in at least one of the following areas:
- Mathematical biology, systems biology, application of ordinary and partial differential equations, as well as stochastic simulations to describe biological/cellular processes, modelling of cellular signaling pathways/ gene expression systems.
- Image analysis, machine learning, statistical data analysis.
- Programming in Python, Matlab.
Experience in collaborating with experimental scientists or experience in experimental cell biology will be considered beneficial.
Required documents:
1. Copy of PhD diploma (obtained not earlier than in 2017). MSc and Bachelor diplomas may be also included for evaluation.
2. CV containing information about:
- Publications,
- Conference presentations,
- Prizes and stipends,
- Other information that can help in evaluation, like experience, achievements, and scientific standing of the candidate,
- Contact details for two references.
3. Motivation letter (1 page).
Please include in your CV the following clause: "I agree to the processing of personal data contained in my job offer for the needs necessary to carry out the recruitment process conducted by IPPT PAN with headquarters in Warsaw, ul. A. Pawińskiego 5B, according to art. 13 para. 1 and 2 of Regulation (EU) 2016/679 of the Parliament and of the Council of 27 April 2016 on the protection of individuals with regard to the processing of personal data and the free movement of such data and the repeal of Directive 95/46 / EC (RODO).”
In your application, please indicate the competition number BSP-DSP.111.28.2024
The documents should be sent to Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript., with a copy to Project PI, Pawel Paszek Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.)">(Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) and Department Secretary Ms. Agnieszka Ponarska (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.). Suitable candidates will be contacted and invited for an interview.