Konkurs na stanowisko stypendysta/doktorant w projekcie NCN OPUS
„Wpływ onkogennych mutacji na przepływ informacji w szlaku sygnałowym MAPK” (scroll down for English)

BSP-DSP.111.5.2024

Informacja o projekcie i stypendium

Kierownik Projektu prof. Tomasz Lipniacki

Instytucja prowadząca: Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Źródło finansowania:  Narodowe Centrum Nauki

Oferujemy stypendium w wysokości 5000 PLN/miesięcznie przez okres 3 miesięcy, począwszy od 1 maja 2024 roku z możliwością wydłużenia na kolejne 2 miesiące.

Streszczenie projektu

Szlaki sygnalizacyjne przetwarzają i przekazują sygnały receptorów błonowych do efektorowych kinaz, takich jak ERK i AKT, które regulują komórkowe procesy fizjologiczne. Postulujemy, że pulsacyjna stymulacja cytokinami (1) jest fizjologicznie najbardziej rozpowszechniona z powodu lokalnej sekrecji cytokin oraz ich endocytozy wraz z związanych z nimi receptorami oraz (2) umożliwia najszybszy przekaz informacji (w tempie kilku bitów na godzinę). Postulujemy również, że mutacje onkogenne zmniejszają zdolność szlaków ERK i AKT do poprawnego przekazu sygnałów, co prowadzi do niewłaściwej regulacji proliferacji, apoptozy i ruchliwości. W projekcie tym skupimy się na stymulacji pulsacyjnej i użyjemy teorii informacji do analizy wpływu mutacji onkogennych na przekaz sygnału.

Wymagania

Rekrutacja zgodnie z „Regulaminem Przyznawania Stypendiów Naukowych NCN w Projektach Badawczych Finansowanych ze Środków Narodowego Centrum Nauki”, określonym uchwałą Rady NCN nr 25/2019 z dnia 14 marca 2019 r. (https://ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2019/uchwala25_2019-zal1.pdf)   

Poszukujemy wybitnego kandydata posiadającego dobre wykształcenie w zakresie matematyki/informatyki.  Doświadczenie w zakresie teorii informacji będzie dodatkowym atutem.

Oczekujemy, że doktorant przeprowadzi estymację tempa przekazu informacji w szlaku sygnałowym MAPK w oparciu o istniejące dane eksperymentalne. Dane zostały zebrane dla nierakowej linii BEAS-2B oraz linii STE-1 poddanej lub nie stymulacji inhibitorem kinazy ALK. Eksperymenty te wymagające analizy dostarczają informacji o translokacji receptora ERK KTR w pojedynczych komórkach.

Wymagane dokumenty:

1. Kopia dyplomu magisterskiego lub licencjackiego.
2. Życiorys zawierający informacje o:
   1. publikacjach,
   2. prezentacjach konferencyjnych,
   3. nagrodach i stypendiach,
   4. także inne informacje pomagające określić poziom naukowy, doświadczenie badawcze i osiągnięcia kandydata.

Prosimy o dołączenie klauzuli:

"Wyrażam zgodę na przetwarzanie danych osobowych zawartych w mojej ofercie pracy na potrzeby niezbędne do przeprowadzenia procesu rekrutacji prowadzonego przez IPPT PAN z siedzibą w Warszawie, ul. A. Pawińskiego 5B, zgodnie z art. 13 ust. 1 i 2 rozporządzenia (UE) 2016/679 Parlamentu i Rady z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w zakresie przetwarzania danych osobowych i swobodnego przepływu tych danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46 / WE (RODO)."

Dokumenty powinny być nadesłane do 19 kwietnia 2024 roku do kierownika projektu: prof. Tomasza Lipniackiego Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. oraz pani Agnieszki Ponarskiej Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.. Kandydat może zostać zaproszony na rozmowę przez komisją kwalifikacyjną.

PhD stipend offer in the research project NCN OPUS “Impact of oncogenic mutations on information transmission in the MAPK signaling pathway”

BSP-DSP.111.5.2024

Information about the project and stipend

Principal Investigator: prof. Tomasz Lipniacki

Institution: Institute of Fundamental Technological Research, Polish Academy of Sciences

financed by: National Science Foundation (Poland).

We offer 5000 PLN/month stipend for 3 months, starting from May 1, 2024, with possibility of extension for another 2 months.

Project abstract

Signaling pathways transmit and process cytokine signals to effector kinases such as ERK or AKT, that regulate key physiological cellular processes. We conjecture that pulsatile cytokine stimulation is physiologically most ubiquitous due to local secretion and subsequent endocytosis of receptor-bound cytokines, and that this stimulation mode enables information transmission at the highest rate (of several bits per hour per cell). We also hypothesize that oncogenic mutations of the ERK and AKT pathway components diminish the capacity of these pathways to properly transmit cytokine signals, which leads to improper regulation of proliferation, apoptosis and motility. Throughout the project we will thus focus on pulsatile stimulation and use information theory to analyze the impact of oncogenic mutations on signal transmission.

Requirements for candidate

The recruitment will follows the rules of the National Science Foundation (Poland) given in

https://ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2019/uchwala25_2019-zal1.pdf

For our challenging project we seek outstanding candidate who have good mathematical/informatical background. Some experience in information theory is highly beneficial.

The candidate is expected to:

to estimate the information transmission rate in the MAPK/ERK pathway. The experimental data have been acquired for non-cancer BEAS-2B cells and cancer cells STE-1 cells with and without kinase ALK inhibitor. These experiments, to be analyzed, provide single cell data on ERK KTR translocation.

Required documents

1. Copy of MSc or Bachelor diploma. With respect to the National Science Foundation regulations the candidate must have PhD student status during the 5 months of the project
2. CV containing information about:
   1. publications,
   2. conference presentations,
   3. prizes and stipends,
   4. as well as other information that can help to evaluate, experience, achievements, and scientific standing of the candidate.

Please include in your CV the following clause:

"I agree to the processing of personal data contained in my job offer for the needs necessary to carry out the recruitment process conducted by IPPT PAN with headquarters in Warsaw, ul. A. Pawińskiego 5B, according to art. 13 para. 1 and 2 of Regulation (EU) 2016/679 of the Parliament and of the Council of 27 April 2016 on the protection of individuals with regard to the processing of personal data and the free movement of such data and the repeal of Directive 95/46 / EC (RODO).

The documents should be sent till April 19, 2024 to the Project PI, prof. Tomasz Lipniacki Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. with a copy to Department Secretary Ms. Agnieszka Ponarska Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.. If needed the candidates will be contacted and invited for the interview.