Konkurs na stanowisko adiunkta/adiuntki (post-doc) w biologii infekcji oraz genomiki pojedynczych komórek 

Rola zmienności komórkowej jako mechanizm przeciwbakteryjny w infekcji

Projekt finansowany przez Narodowe Centrum Nauki (NCN)

BSP-DSP.111.10.2026

INFORMACJE O PROJEKCIE

Kierownik projektu: prof. dr hab. inż. Paweł Paszek

Okres realizacji projektu: 48 miesięcy

Instytucja realizująca: Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Stanowisko: Adiunkt/Adiunktka/ Postdoctoral Researcher

Dyscyplina naukowa: Inżynieria Biomedyczna

Termin składania aplikacji: 9 sierpnia 2026 r.

Planowany termin rozstrzygnięcia konkursu: do 1 września 2026 r.

Planowany termin rozpoczęcia pracy: wrzesień 2026 r.

Słowa kluczowe: biologia infekcji, heterogeniczność komórkowa, odpowiedz immunologiczna, makrofagi, genomika pojedynczych komórek, L. monocytogenes

OPIS PROJEKTU

Celem projektu jest zrozumienie mechanizmów regulujących heterogeniczność komórkową
w odpowiedzi wrodzonego układu odpornościowego na infekcje bakteryjne. Pomimo identycznego materiału genetycznego i ekspozycji na ten sam patogen, komórki układu odpornościowego często wykazują bardzo zróżnicowane odpowiedzi. Coraz więcej danych wskazuje, że taka heterogeniczność nie stanowi jedynie biologicznego szumu, lecz może odgrywać kluczową rolę w kontroli przebiegu infekcji.

W projekcie wykorzystamy bakteryjny patogen Listeria monocytogenes jako model do badania wpływu infekcji na zmienność transkrypcyjną oraz sieci sygnałowe makrofagów. Projekt łączy eksperymentalną biologię infekcji, genomikę pojedynczych komórek, zaawansowane techniki obrazowania oraz modelowanie ilościowe w celu zrozumienia odpowiedzi immunologicznych na poziomie komórek
i tkanek.

Szczególny nacisk zostanie położony na integrację danych pochodzących z makrofagów różnicowanych z ludzkich PBMC oraz komplementarnych modeli mysich w celu identyfikacji mechanizmów regulujących heterogeniczność komórkową podczas infekcji oraz określenia jej znaczenia dla skutecznej odpowiedzi przeciwbakteryjnej.

 

Figure 1. Heterogenous nature of host-pathogen interactions with L. monocytogenes (Lm). Live cell microscopy analysis of primary BMDM and RAW 264.7 cells infected with Lm-GFP at MOI=0.25 revealing a small fraction of replicative Lm. B.  Dissemination of Lm in the host via bloodstream and liver. C. Analysis of cellular heterogeneity via mathematical modelling.

ZAKRES OBOWIĄZKÓW

Wybrany kandydat będzie odgrywał kluczową rolę w realizacji projektu i będzie ściśle współpracował z kierownikiem projektu oraz pozostałymi członkami zespołu badawczego.

Do obowiązków osoby zatrudnionej będzie należało:

• planowanie i prowadzenie badań eksperymentalnych dotyczących heterogeniczności komórkowej podczas infekcji bakteryjnych,
• prowadzenie eksperymentów infekcyjnych z wykorzystaniem bakterii Listeria monocytogenes oraz pierwotnych ludzkich i mysich komórek układu odpornościowego,
• generowanie, analiza i interpretacja danych pojedynczych komórek, w tym scRNA-seq oraz scATAC-seq,
• wykorzystanie metod biologii molekularnej i komórkowej, obejmujących profilowanie ekspresji genów, RT-qPCR, Western blotting, immunobarwienia, cytometrię przepływową, pomiary produkcji cytokin oraz techniki mikroskopowe,
• analiza i interpretacja danych transkryptomicznych, genomicznych, obrazowych oraz innych wielkoskalowych zbiorów danych generowanych w projekcie z wykorzystaniem metod obliczeniowych i ilościowych,
• współudział w opiece naukowej nad doktorantami i studentami realizującymi projekty powiązane tematycznie,
• udział w koordynacji projektu, przygotowywaniu raportów oraz działaniach upowszechniających wyniki badań,
• przygotowywanie publikacji naukowych w renomowanych czasopismach międzynarodowych oraz aktywna prezentacja wyników badań na konferencjach naukowych,
• udział w opracowywaniu nowych kierunków badawczych oraz przygotowywaniu przyszłych wniosków grantowych.

ŚRODOWISKO PRACY

Projekt będzie realizowany w Pracowni Modelowania w Biologii i Medycynie (PMBM) Instytutu Podstawowych Problemów Techniki PAN w Warszawie. Laboratorium łączy eksperymentalną biologię infekcji, nowoczesne techniki mikroskopowe, genomikę pojedynczych komórek oraz modelowanie ilościowe w badaniach odpowiedzi immunologicznych i interakcji typu gospodarz–patogen.

Eksperymenty związane z sekwencjonowaniem nowej generacji będą prowadzone we współpracy
z Laboratorium Sekwencjonowania Instytutu Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN.

Wybrany kandydat dołączy do interdyscyplinarnego zespołu badawczego i będzie współtworzył rozwój nowoczesnych metod eksperymentalnych i obliczeniowych wykorzystywanych do badania interakcji gospodarz–patogen.

WYMAGANIA

• stopień doktora w dziedzinie immunologii, mikrobiologii, biologii molekularnej, biotechnologii, bioinformatyki, biologii systemów lub pokrewnej dyscyplinie, uzyskany w roku zatrudnienia w projekcie lub w okresie 12 lat przed 1 stycznia roku zatrudnienia w projekcie. (z uwzględnieniem przedłużeń dopuszczonych przez regulacje NCN),
• udokumentowane doświadczenie badawcze w immunologii, biologii infekcji, interakcjach gospodarz–patogen, biologii molekularnej, mikrobiologii, genomice, bioinformatyce lub pokrewnych dziedzinach,
• dorobek publikacyjny odpowiedni do etapu kariery naukowej,
• doświadczenie w nowoczesnych technikach biologii molekularnej i komórkowej, obejmujących wybrane spośród: hodowli komórek ssaczych, pracy z pierwotnymi komórkami układu odpornościowego, modeli infekcji bakteryjnych, RT-qPCR, Western blotting, cytometrii przepływowej, immunobarwień, mikroskopii fluorescencyjnej/konfokalnej lub sekwencjonowania nowej generacji,
• bardzo dobra znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie,
• umiejętność samodzielnej pracy badawczej oraz efektywnej współpracy w interdyscyplinarnym zespole.

Dodatkowym atutem będzie:

• doświadczenie w pracy z pierwotnymi komórkami układu odpornościowego, modelami infekcji bakteryjnych (w szczególności Listeria monocytogenes) lub modelami mysimi,
• doświadczenie w genomice pojedynczych komórek, w tym scRNA-seq i/lub scATAC-seq,
• doświadczenie w technologiach sekwencjonowania nowej generacji oraz analizie danych omicznych,
• umiejętność programowania w językach R lub Python oraz doświadczenie w analizie statystycznej, analizie obrazów lub uczeniu maszynowym,
• doświadczenie w biologii ilościowej, biologii systemów lub modelowaniu matematycznym,
• doświadczenie w opiece nad studentami lub doktorantami,
• doświadczenie w przygotowywaniu raportów naukowych, dokumentacji projektowej lub wniosków grantowych.

WARUNKI ZATRUDNIENIA

Forma zatrudnienia: umowa o pracę na czas określony (48 miesięcy).

Stanowisko: adiunkt/ postdoctoral researcher

Wynagrodzenie: około 9300 zł brutto miesięcznie zgodnie z zasadami konkursu NCN OPUS-29.

Planowany termin rozpoczęcia pracy: wrzesień 2026 r.

Rekrutacja prowadzona jest zgodnie z zasadami Narodowego Centrum Nauki dotyczącymi zatrudniania osób na stanowiskach typu postdoc w projektach badawczych finansowanych przez NCN (https://ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2024/uchwala84_2024-zal1.pdf ).

WYMAGANE DOKUMENTY:

1. Kopia dyplomu doktorskiego. Opcjonalnie kandydat może również dołączyć dyplomy ukończenia studiów magisterskich i licencjackich.
2. CV zawierające informacje o:
   publikacjach naukowych,
   • wystąpieniach konferencyjnych,
   • nagrodach i stypendiach,
   • doświadczeniu badawczym, osiągnięciach naukowych oraz innych informacjach mogących mieć znaczenie przy ocenie kandydata,
   • danych kontaktowych do dwóch osób mogących udzielić referencji.
3. List motywacyjny (maksymalnie jedna strona).
4. Prosimy o zawarcie w CV następującej klauzuli: „Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych dla potrzeb przeprowadzenia procesu rekrutacyjnego przez Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN, znajdujący się pod adresem Pawińskiego 5B w Warszawie, zgodnie z art. 13 Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE” 

W zgłoszeniu prosimy podać numer konkursu: BSP-DSP.111.10.2026

Dokumenty powinny zostać dostarczone na adres mailowy: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. wraz z kopią do kierownika projektu, Prof. Pawła Paszka (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) i sekretariatu Zakładu Biosystemów i Miękkiej Materii (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.). Wybrani kandydaci zostaną zaproszeni na rozmowę kwalifikacyjną.

 

Postdoctoral Researcher in infection biology and single-cell genomics.

Regulation of cellular heterogeneity as an antibacterial control mechanism of infection

Funded by the National Science Centre Poland

BSP-DSP.111.10.2026

Information about the project

Principal Investigator: Prof. Pawel Paszek

Project duration: 48 months

Host Institution: Institute of Fundamental Technological Research, Polish Academy of Sciences.

Position: Assistant Professor (Postdoctoral Researcher)

Scientific Discipline: BioengineeringApplication deadline: 9^th of August

Recruitment results: by 1^st September Planned starting date: September, 2026.

Key words: Infection biology, cellular heterogeneity, immune response, macrophages, single-cell genomics, L. monocytogenes

PROJECT DESCRIPTION

The project aims to elucidate the regulation and function of cellular heterogeneity in innate immune responses to bacterial infection. Although genetically identical immune cells are exposed to the same pathogen and environment, they often display remarkably diverse responses. Emerging evidence suggests that such heterogeneity is not simply biological noise, but may represent an important mechanism controlling infection outcomes.

Using the foodborne pathogen Listeria monocytogenes as a model system, we will investigate how infection reshapes transcriptional variability and signalling networks in macrophages and how these changes influence pathogen control and dissemination. The project combines experimental infection biology, single-cell genomics, advanced imaging, and quantitative modelling to understand immune responses across cellular and tissue scales.

Particular emphasis will be placed on integrating data from human PBMC-derived macrophages and complementary mouse infection models to identify mechanisms regulating cellular heterogeneity during infection and determine how this variability contributes to effective antibacterial immunity.

 

 

Figure 1. Heterogenous nature of host-pathogen interactions with L. monocytogenes (Lm). Live cell microscopy analysis of primary BMDM and RAW 264.7 cells infected with Lm-GFP at MOI=0.25 revealing a small fraction of replicative Lm. B.  Dissemination of Lm in the host via bloodstream and liver. C. Analysis of cellular heterogeneity via mathematical modelling.

DESCRIPTION OF TASKS

The successful candidate will play a leading role in the execution of the project and will work closely with the project principal investigator and other members of the research team.

The postdoctoral researcher will be expected to:

• Design and conduct experimental studies investigating cellular heterogeneity during bacterial infection;
• Perform infection experiments using Listeria monocytogenes and primary human and mouse immune cells;
• Generate, analyse, and interpret single-cell datasets, including scRNA-seq and scATAC-seq;
• Apply molecular and cellular biology techniques including gene expression profiling, RT-qPCR, Western blotting, immunostaining, flow cytometry, cytokine measurements, and microscopy-based approaches;
• Analyse and interpret transcriptomic, genomic, imaging and other large-scale datasets generated within the project with computational and quantitative approaches;
• Supervise and mentor PhD students and MSc students working on related projects;
• Contribute to project coordination, reporting, and dissemination activities;
• Publish research findings in high-quality international journals and actively present results at scientific conferences;
• Contribute to the development of future research directions and grant applications arising from the project.

ENVIRONMENT

The project will be conducted in the Laboratory of Modelling in Biology and Medicine (PMBM), Institute of Fundamental Technological Research, Polish Academy of Sciences (IPPT PAN), Warsaw, Poland. The laboratory combines experimental infection biology, advanced microscopy, single-cell genomics, and quantitative modelling to investigate immune responses and host-pathogen interactions. Next-generation sequencing experiments will be performed in collaboration with the Laboratory of Sequencing at the Nencki Institute of Experimental Biology (https://nencki.edu.pl/laboratories/laboratory-of-sequencing/).

The successful candidate will join an interdisciplinary research environment and contribute to the development of cutting-edge experimental and computational approaches for studying host-pathogen interactions.

REQUIREMENTS

• PhD degree in immunology, microbiology, molecular biology, biotechnology, bioinformatics, systems biology, or a related discipline, obtained in the year of employment in the project or within 12 years before 1 January of the year of employment in the project. (subject to extensions permitted under NCN regulations);
• Demonstrated research experience in immunology, infection biology, host–pathogen interactions, molecular biology, microbiology, genomics, bioinformatics, or related fields;
• Strong publication record appropriate for career stage;
• Experience with modern experimental techniques in molecular and cellular biology, including some of the following: mammalian cell culture, primary immune cells, bacterial infection models, RT-qPCR, Western blotting, flow cytometry, immunostaining, fluorescence/confocal microscopy, or next-generation sequencing;
• Excellent command of spoken and written English;
• Ability to work independently and contribute effectively to collaborative interdisciplinary projects.

The following qualifications will be considered advantageous:

• Experience with primary immune cells, bacterial infection models including Listeria monocytogenes, or mouse models;
• Experience with single-cell genomics, including scRNA-seq and/or scATAC-seq;
• Experience with next-generation sequencing technologies and analysis of omics datasets;
• Computational and bioinformatics skills, including R or Python programming, statistical analysis, image analysis, or machine learning;
• Experience with quantitative biology, systems biology, or mathematical modelling;
• Previous experience supervising MSc or PhD students;
• Experience preparing scientific reports, grant applications, or project documentation.

EMPLOYMENT CONDITIONS

Form of employment: Full-time Assistant Professor/ Postdoctoral researcher

Type of contract: fixed-term employment contract for 48 months.

Gross salary: remuneration of approximately 9300 PLN gross according to NCN OPUS-29 regulations.

Planned starting date: September 2026.

The recruitment process is conducted in accordance with the National Science Centre (NCN) regulations governing the employment of postdoctoral researchers in research projects funded by the NCN (https://ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2024/uchwala84_2024-zal1.pdf ).

Required documents:

1. Copy of PhD diploma. MSc and Bachelor diplomas may also be included.

2. CV containing information about:

• Publications,
• Conference presentations,
• Prizes and stipends,
• Other information that can help in evaluation, like experience, achievements, and scientific standing of the candidate,
• Contact details for two references.

3. Motivation letter (1 page).

4. Please include in your CV the following clause: "I agree to the processing of personal data contained in my job offer for the needs necessary to carry out the recruitment process conducted by IPPT PAN with headquarters in Warsaw, ul. A. Pawińskiego 5B, according to art. 13 para. 1 and 2 of Regulation (EU) 2016/679 of the Parliament and of the Council of 27 April 2016 on the protection of individuals with regard to the processing of personal data and the free movement of such data and the repeal of Directive 95/46 / EC (RODO).”

In your application, please provide the competition number: BSP-DSP.111.10.2026

The documents should be sent to: Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript. with a copy to Project PI, prof. Pawel Paszek (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) and Department Secretary Ms. Agnieszka Ponarska (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.). Suitable candidates will be invited for an interview.