Konkurs na stypendium doktoranckie NCN w biologii infekcji

Rola zmienności komórkowej jako mechanizm przeciwbakteryjny w infekcji

BSP-DSP.111.11.2026

INFORMACJE O PROJEKCIE

Projekt finansowany przez Narodowe Centrum Nauki (NCN)

Kierownik projektu: prof. dr hab. inż. Paweł Paszek

Okres realizacji projektu: 48 miesięcy

Instytucja realizująca: Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN

Stanowisko: doktorant / stypendysta NCN

Dyscyplina naukowa: Inżynieria Biomedyczna

Termin składania aplikacji: 9 sierpnia 2026 r.

Planowany termin rozstrzygnięcia konkursu: do 24 sierpnia 2026 r.

Planowany termin rozpoczęcia pracy: wrzesień 2026 r.

Słowa kluczowe: biologia infekcji, heterogeniczność komórkowa, odpowiedz immunologiczna, makrofagi, genomika pojedynczych komórek, L. monocytogenes

OPIS PROJEKTU

Celem projektu jest zrozumienie mechanizmów regulujących heterogeniczność komórkową w odpowiedzi wrodzonego układu odpornościowego na infekcje bakteryjne. Pomimo identycznego materiału genetycznego i ekspozycji na ten sam patogen, komórki układu odpornościowego często wykazują bardzo zróżnicowane odpowiedzi. Coraz więcej danych wskazuje, że taka heterogeniczność nie stanowi jedynie biologicznego szumu, lecz może odgrywać kluczową rolę w kontroli przebiegu infekcji.

W projekcie wykorzystamy bakteryjny patogen Listeria monocytogenes jako model do badania wpływu infekcji na zmienność transkrypcyjną oraz sieci sygnałowe makrofagów. Projekt łączy eksperymentalną biologię infekcji, genomikę pojedynczych komórek, zaawansowane techniki obrazowania oraz modelowanie ilościowe w celu zrozumienia odpowiedzi immunologicznych na poziomie komórek i tkanek.

Szczególny nacisk zostanie położony na integrację danych pochodzących z makrofagów różnicowanych z ludzkich PBMC oraz komplementarnych modeli mysich w celu identyfikacji mechanizmów regulujących heterogeniczność komórkową podczas infekcji oraz określenia jej znaczenia dla skutecznej odpowiedzi przeciwbakteryjnej.

 

Figure 1. Heterogenous nature of host-pathogen interactions with L. monocytogenes (Lm). Live cell microscopy analysis of primary BMDM and RAW 264.7 cells infected with Lm-GFP at MOI=0.25 revealing a small fraction of replicative Lm. B.  Dissemination of Lm in the host via bloodstream and liver. C. Analysis of cellular heterogeneity via mathematical modelling.

ZAKRES OBOWIĄZKÓW

Wybrany kandydat będzie uczestniczył w realizacji projektu pod kierunkiem kierownika projektu i będzie zaangażowany w:

• prowadzenie eksperymentów infekcyjnych z wykorzystaniem bakterii Listeria monocytogenes oraz komórek układu odpornościowego,
• generowanie i analizę danych pojedynczych komórek, w tym scRNA-seq i scATAC-seq,
• mikroskopię fluorescencyjną, analizę obrazów oraz ilościową charakterystykę odpowiedzi immunologicznych na poziomie pojedynczych komórek,
• analizy molekularne i komórkowe obejmujące profilowanie ekspresji genów, analizę białek oraz pomiary produkcji cytokin,
• integrację danych eksperymentalnych z podejściami bioinformatycznymi, statystycznymi i modelowaniem matematycznym w celu badania zmienności transkrypcyjnej, przejść pomiędzy stanami komórkowymi oraz wyników infekcji,
• przygotowywanie publikacji naukowych oraz prezentację wyników na krajowych i międzynarodowych konferencjach naukowych.

ŚRODOWISKO PRACY

Projekt będzie realizowany w Pracowni Modelowania w Biologii i Medycynie (PMBM) Instytutu Podstawowych Problemów Techniki PAN w Warszawie. Laboratorium łączy eksperymentalną biologię infekcji, nowoczesne techniki mikroskopowe, genomikę pojedynczych komórek oraz modelowanie ilościowe w badaniach odpowiedzi immunologicznych i interakcji typu gospodarz–patogen.

Eksperymenty związane z sekwencjonowaniem nowej generacji będą prowadzone we współpracy z Laboratorium Sekwencjonowania Instytutu Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN.

Wybrany kandydat dołączy do interdyscyplinarnego zespołu badawczego i uzyska możliwość zdobycia doświadczenia w nowoczesnych metodach eksperymentalnych i obliczeniowych.

WYMAGANIA

• ukończone studia magisterskie z biologii, biotechnologii, mikrobiologii, immunologii, inżynierii biomedycznej, bioinformatyki lub pokrewnej dziedziny,
• doświadczenie w biologii molekularnej, biologii komórki, mikrobiologii, immunologii, biologii infekcji lub pokrewnych obszarach eksperymentalnych,
• zainteresowanie interakcjami gospodarz–patogen, immunologią, biologią infekcji oraz analizą pojedynczych komórek,
• bardzo dobra znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie.

Dodatkowym atutem będzie:

• doświadczenie w hodowlach komórek ssaczych, pracy z pierwotnymi komórkami układu odpornościowego, modelach infekcji bakteryjnych, cytometrii przepływowej, mikroskopii, biologii molekularnej, sekwencjonowaniu nowej generacji lub bioinformatyce,
• doświadczenie w pracy ze zwierzętami laboratoryjnymi i modelami mysimi,
• umiejętność programowania w językach R lub Python oraz doświadczenie w analizie statystycznej, analizie obrazów lub danych omicznych,
• doświadczenie w biologii ilościowej, biologii systemów, modelowaniu matematycznym lub uczeniu maszynowym,
• publikacje naukowe, wystąpienia konferencyjne, nagrody, stypendia lub inne osiągnięcia naukowe.

WARUNKI ZATRUDNIENIA

Forma zatrudnienia: stypendium naukowe NCN.

Budżet przewidziany na stypendium z projektu NCN: do 5000 zł miesięcznie.

Rekrutacja prowadzona jest zgodnie z regulaminem przyznawania stypendiów naukowych w projektach badawczych finansowanych przez NCN (https://ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2024/uchwala25_2024-zal1.pdf).

Okres finansowania: 48 miesięcy.

WYMAGANE DOKUMENTY:

1. Kopia dyplomu ukończenia studiów magisterskich (opcjonalnie również dyplomu studiów pierwszego stopnia).
2. CV zawierające informacje o:
   publikacjach naukowych,
   • wystąpieniach konferencyjnych,
   • nagrodach i stypendiach,
   • doświadczeniu badawczym, osiągnięciach naukowych oraz innych informacjach mogących mieć znaczenie przy ocenie kandydata,
   • danych kontaktowych do dwóch osób mogących udzielić referencji.
3. List motywacyjny (maksymalnie jedna strona).
4. Prosimy o zawarcie w CV następującej klauzuli: „Wyrażam zgodę na przetwarzanie moich danych osobowych dla potrzeb przeprowadzenia procesu rekrutacyjnego przez Instytut Podstawowych Problemów Techniki PAN, znajdujący się pod adresem Pawińskiego 5B w Warszawie, zgodnie z art. 13 Rozporządzenia Parlamentu Europejskiego i Rady (UE) 2016/679 z dnia 27 kwietnia 2016 r. w sprawie ochrony osób fizycznych w związku z przetwarzaniem danych osobowych i w sprawie swobodnego przepływu takich danych oraz uchylenia dyrektywy 95/46/WE” 

Dokumenty powinny zostać dostarczone na adres mailowy kierownika projektu, Prof. Pawła Paszka (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) wraz z kopią do sekretariatu Zakładu Biosystemów i Miękkiej Materii (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.).

PhD research scholarship in infection biology

Regulation of cellular heterogeneity as an antibacterial control mechanism of infection

 

BSP-DSP.111.11.2026

Information about the project

Funded by the National Science Centre Poland

Principal Investigator: Prof. Pawel Paszek

Project duration: 48 months

Host Institution: Institute of Fundamental Technological Research, Polish Academy of Sciences.

Position: PhD student

Scientific Discipline: Bioengineering

Application deadline: 9^th of August

Recruitment results: by 24st August 2026

Planned starting date: September, 2026.

Key words: Infection biology, cellular heterogeneity, immune response, macrophages, single-cell genomics, L. monocytogenes

PROJECT DESCRIPTION

The project aims to elucidate the regulation and function of cellular heterogeneity in innate immune responses to bacterial infection. Although genetically identical immune cells are exposed to the same pathogen and environment, they often display remarkably diverse responses. Emerging evidence suggests that such heterogeneity is not simply biological noise, but may represent an important mechanism controlling infection outcomes.

Using the foodborne pathogen Listeria monocytogenes as a model system, we will investigate how infection reshapes transcriptional variability and signalling networks in macrophages and how these changes influence pathogen control and dissemination. The project combines experimental infection biology, single-cell genomics, advanced imaging, and quantitative modelling to understand immune responses across cellular and tissue scales.

Emphasis will be placed on integrating data from human PBMC-derived macrophages and complementary mouse infection models to identify mechanisms regulating cellular heterogeneity during infection and determine how this variability contributes to effective antibacterial immunity.

 

 

Figure 1. Heterogenous nature of host-pathogen interactions with L. monocytogenes (Lm). Live cell microscopy analysis of primary BMDM and RAW 264.7 cells infected with Lm-GFP at MOI=0.25 revealing a small fraction of replicative Lm. B.  Dissemination of Lm in the host via bloodstream and liver. C. Analysis of cellular heterogeneity via mathematical modelling.

DESCRIPTION OF TASKS

Active participation in research activities aimed at understanding cellular heterogeneity during bacterial infection. The successful candidate will work under the supervision of the project principal investigator and will participate in:

• Infection experiments using Listeria monocytogenes and primaryimmune cells.
• Generation and analysis of single-cell datasets, including scRNA-seq and scATAC-seq.
• Fluorescence microscopy, image analysis, and quantitative characterization of immune responses at the single-cell level.
• Molecular and cellular analyses of infected cells, including gene expression profiling, protein analysis, and cytokine measurements.
• Integration of experimental datasets with computational and mathematical approaches to investigate transcriptional variability, cell-state transitions, and infection outcomes.
• Preparation of scientific publications and presentation of research results at national and international conferences.

ENVIRONMENT

The project will be conducted in the Laboratory of Modelling in Biology and Medicine (PMBM), Institute of Fundamental Technological Research, Polish Academy of Sciences (IPPT PAN), Warsaw, Poland. The laboratory combines experimental infection biology, advanced microscopy, single-cell genomics, and quantitative modelling to investigate immune responses and host-pathogen interactions. Next-generation sequencing experiments will be performed in collaboration with the Laboratory of Sequencing at the Nencki Institute of Experimental Biology (https://nencki.edu.pl/laboratories/laboratory-of-sequencing/). The successful candidate will join an interdisciplinary research environment and receive training in state-of-the-art experimental and computational approaches.

REQUIREMENTS

• MSc degree in biology, biotechnology, microbiology, immunology, bioengineering or a related discipline.
• Experience in molecular biology, cell biology, microbiology, immunology, infection biology, or related experimental disciplines.
• Strong interest in host-pathogen interactions, immunology, infection biology and single-cell biology.
• Excellent command of spoken and written English.

The following qualifications will be considered advantageous:

• Experience with mammalian cell culture, primary immune cells, bacterial infection models, flow cytometry, microscopy, molecular biology, next-generation sequencing or bioinformatics.
• Experience with laboratory animal work and mouse models.
• Computational and bioinformatics skills, including R or Python programming, statistical analysis, image analysis, or analysis of omics datasets.
• Experience with quantitative biology, systems biology, mathematical modelling, or machine learning.
• Scientific publications, conference presentations, scholarships, awards, or other evidence of research excellence.

EMPLOYMENT CONDITIONS

Form of employment: research scholarship.

Scholarship budget under the NCN project: up to PLN 5,000/month.

Scholarship duration: 48 months.

Planned starting date: September 2026.

The recruitment process is conducted in accordance with the regulations on awarding research scholarships in research projects funded by NCN ((https://ncn.gov.pl/sites/default/files/pliki/uchwaly-rady/2024/uchwala25_2024-zal1.pdf).

Required documents:

1. Copy of MSc diploma. Bachelor diplomas may also be included.

2. CV containing information about:

• Publications,
• Conference presentations,
• Prizes and stipends,
• Other information that can help in evaluation, like experience, achievements, and scientific standing of the candidate,
• Contact details for two references.

3. Motivation letter (1 page).

4. Please include in your CV the following clause: "I agree to the processing of personal data contained in my job offer for the needs necessary to carry out the recruitment process conducted by IPPT PAN with headquarters in Warsaw, ul. A. Pawińskiego 5B, according to art. 13 para. 1 and 2 of Regulation (EU) 2016/679 of the Parliament and of the Council of 27 April 2016 on the protection of individuals with regard to the processing of personal data and the free movement of such data and the repeal of Directive 95/46 / EC (RODO).”

The documents should be sent to Project PI, prof. Pawel Paszek (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.) with a copy to Department Secretary Ms. Agnieszka Ponarska (Ten adres pocztowy jest chroniony przed spamowaniem. Aby go zobaczyć, konieczne jest włączenie w przeglądarce obsługi JavaScript.).